Bach fu non solo grande organista ma anche esperto di organaria, l’arte di costruire gli organi. Per queste sue capacità nel 1703, ricevette il primo importante incarico musicale ad Arnstadt, come strumentista e collaudatore del nuovo organo della chiesa di S. Bonifacio . Qui Bach iniziò a scrivere le prime composizioni ‘libere’ per organo, ossia non legate alle funzioni religiose, come preludi, fantasie, toccate. Tra queste spicca per bellezza la celebre Toccata e fuga in re minore BWV 538 (BWV è la sigla del catalogo delle sue opere). È una composizione virtuosistica composta di due parti. La prima, la toccata, è concepita nello stile dell’improvvisazione e alterna episodi lenti (Adagi) e dalla sonorità imponente a episodi velocissimi (Prestissimo). La seconda parte, la fuga, è invece costruita su una struttura formale contrappuntistica più definita e rigorosa. L’attività di organista di Bach proseguì poi nella vicina Mühlhausen.
Il brano è diviso in due parti la prima, la Toccata, forma musicale usata principlamente per strumenti a tastiera, è una introduzione, con scale veloci e arpeggi che dà un senso di “quasi” improvvisato. La Toccata generalmente inizia con un elemento introduttivo Adagio, poi passare al Prestissimo e quindi all’Allegro, Bach vi inserisce un episodio a carattere improvvisativo e conclude riprendendo il Prestissimo. La Fuga dopo l’esposizione del tema e lo sviluppo riprende la Toccata e conclude con la coda finale. Forse il celebre mordente iniziale sulla dominante è una delle note più famose di tutta la storia della musica.